Históricamente, la creación del Instituto de Estudios de la Mujer se remonta al año 1987, cuando el Consejo Directivo de la Facultad de Filosofía y Letras de la Universidad Nacional, crea el Centro Interdisciplinario de Estudios de la Mujer (CIEM), como un programa académico, adscrito al decanato de su facultad. Uno de los argumentos para su aprobación, fue la necesidad de contar con un espacio académico en el cual se pudiesen generar discusiones de manera interdisciplinaria, en torno a las desigualdades sociales que enfrentaban las mujeres en la sociedad costarricense. Esta iniciativa fue impulsada por la decana de ese momento, la Licda. Cora Ferro Calabrese, teóloga argentina, radicada en Costa Rica, quien continuó con estos  esfuerzos, hasta lograr que en 1991 se constituyera en el Instituto de Estudios de la Mujer (IEM), del cual fue su primera directora, durante el período 1991-1993.

El IEM, inicialmente abordó su quehacer con el desarrollo de tres programas pioneros: Casa de la Mujer, Educación para la igualdad de oportunidades y Construyamos una vida sin violencia. Durante un buen tiempo, los intereses del Instituto se enfocaron principalmente en la prevención y el estudio de la violencia contra las mujeres desde sus diversas manifestaciones, siendo uno de los más importantes, la visibilización de la problemática del hostigamiento sexual en la Universidad Nacional. También se hicieron ingentes esfuerzos por transversalizar la perspectiva de género en el plan curricular de la educación, por considerarse un campo del conocimiento clave y estratégico para generar cambios sociales y culturales a través de la docencia. Desde el programa Casa de la Mujer, se ejecutaron diversos proyectos, uno de ellos fue la publicación de la revista Casa de la Mujer, que se mantuvo vigente por varios años. Posteriormente el trabajo se organizó bajo la modalidad de proyectos de investigación, extensión y docencia.

En 1993 se firmó un convenio para impulsar un plan de estudios de posgrado de manera conjunta con la Universidad de Costa Rica. Producto de ello se desarrollaron dos programas de maestría, la Maestría en Estudios de la Mujer y, posteriormente, la Maestría en Violencia Intrafamiliar y de Género. Este convenio se mantuvo vigente por veinte años y dentro de sus logros se puede señalar la formación de “cuadros académicos” para aplicar la perspectiva de género e impulsar los estudios de género dentro de los espacios laborales y de estudio. En el año 2015, se abrió un nuevo programa de maestría especializado en derechos humanos de las mujeres, denominado Maestría Perspectiva de Género en los Derechos Humanos, el cual se encuentra vigente hasta la actualidad. Asimismo, en el año 2005, el IEM incursionó en la docencia a nivel de grado, ofreciendo una carrera que incorpora la perspectiva de género aplicada al desarrollo, la cual busca formar profesionales que estén en capacidad de abordar el desarrollo, incluyendo las dimensiones económica, social, cultural, ambiental e interseccional.  Primeramente, la carrera se llamó Gestión del Desarrollo Sostenible con Equidad de Género, sin embargo, producto de un proceso de autoevaluación pasó a llamarse Bachillerato en Género y Desarrollo. En el año 2015, se ofertó el plan de estudios de la Licenciatura en Género y Desarrollo.

Con el paso del tiempo el IEM ha ido reorientando parte de su quehacer, manteniendo las áreas estratégicas que le han caracterizado e incursionado en otros espacios del conocimiento, tales como los campos de las diversidades sexuales, pobreza con perspectiva de género, discriminaciones, para mencionar algunos. En el año 2021, el IEM cumplirá 30 años de su creación, con la satisfacción de constituirse en una unidad académica que se ha caracterizado por impulsar los estudios de género, la implementación de políticas institucionales y la transversalización de la perspectiva de género en el quehacer de la Universidad Nacional.